Отмечаемый 13 мая День военно-морского флота России был учрежден приказом главнокомандующего ВМФ Российской Федерации № 253 от 15 июля 1996 года, а точкой отсчета приняли 13 мая 1783 года, когда в Ахтиарскую бухту в юго-западной части Крымского полуострова Черного моря вошли 11 кораблей Азовской флотилии под командованием участника Чесменского сражения вице-адмирала Ф.А. Клокачева, а позже – еще 17 кораблей Днепровской флотилии. Эти первые 28 кораблей и стали ядром зарождающегося Черноморского флота.
В 1785 году на русском Черноморском флоте было 13 с половиной тысяч человек личного состава и 12 линейных кораблей, 20 фрегатов, 5 шхун, 23 транспортных судна. Черноморское адмиралтейство базировалось в Херсоне. В 1784 году Екатерина Великая переименовала Ахтиар в Севастополь, в переводе с греческого — «величественный». Этот город стал главной базой российского флота на Черном море.
С историей Черноморского флота связаны такие имена как Федор Ушаков, Михаил Лазарев, Павел Нахимов, Владимир Истомин, Владимир Корнилов. Славные страницы истории этого флота – Русско-турецкая война 1787-1791 годов, Крымская война 1853-1856 годов, Первая мировая война, Великая Отечественная война.
Черноморский флот был разделен дважды. В первый раз во время Гражданской войны, когда часть кораблей осталась у белогвардейцев. Много судов Белого флота после поражения ушли за рубеж. Второй раз — после распада СССР в 1991 году. Часть флота тогда осталась у Украины. В 2014 году в связи с принятием в состав Российской Федерации Крыма был принят Федеральный закон «О прекращении действия соглашений, касающихся пребывания Черноморского флота Российской Федерации на территории Украины» и некоторые корабли перешли в Черноморский флот РФ.
С 24 февраля 2022 года Черноморский флот ВМФ участвует в выполнении задач Специальной военной операции. За героизм и мужество многие из моряков-черноморцев отмечены государственными наградами.