40-я общевойсковая армия была сформирована 16 декабря 1979 года в Туркестанском военном округе по директиве начальника Генерального штаба ВС СССР. Командующим армии был назначен генерал-лейтенант Юрий Тухаринов.
Однако развертывание и мобилизация частей и соединений ТуркВО и Среднеазиатского военного округа проводились с 10 декабря (еще до принятия 12 декабря окончательного решения о вводе советских войск в Афганистан) по личному приказанию министра обороны Дмитрия Устинова. Общая директива на укомплектование, развертывание и приведение в боевую готовность не отдавалась, войска приводились в готовность и разворачивались отдельными распоряжениями командования после устных приказов Министра обороны СССР. Всего за три недели (до 31 декабря 1979 года) было отдано более 30 таких распоряжений.
24 декабря 1979 года Министр обороны СССР провел совещание с руководящим составом Министерства обороны, где объявил о принятом решении ввести войска в Афганистан и подписал директиву № 312/12/001.
До 25 декабря 1979 было развернуто около 100 соединений и частей, армейский комплект частей боевого и тылового обеспечения. На доукомплектование было призвано из запаса более 50 000 человек из среднеазиатских республик и Казахстана, передано из народного хозяйства около 8000 автомобилей и другой техники. Это было крупнейшее развертывание в Среднеазиатском регионе.
К моменту ввода 40-й армии на территории Афганистана уже находились советские части. Введенный в начале декабря, спецотряд ГРУ (так называемый «мусульманский батальон»), сформированный летом 1979 года для выполнения специальных задач, два батальона и 9-я рота 345-го гвардейского парашютно-десантного полка (один из которых дислоцировался еще с июля того же года, второй прибыл вместе с «мусульманским батальоном»).
