Родился в Макарьевском сельском совете Топчихинского района Алтайского края. В ряды РККА был призван в 1941 году Топчихинским РВК Алтайского края.
По информации из документов, уточняющих потери (донесения послевоенного периода Топчихинского РВК Алтайского края №56976 от 8 июля 1946 года), красноармеец Семен Шестаков, который ранее был учтен пропавшим без вести, учтен погибшим в плену 3 октября 1942 года.
По информации из донесения о безвозвратных потерях (донесения о военнопленных Управления тыла 33-й армии №46925с от 25 ноября 1943 года), красноармеец 908-го стрелкового полка Семен Шестаков погиб в плену 3 октября 1942 года, однако точное место захоронения не указано.
Аналогичная информация содержится в 6-м томе Книги Памяти Алтайского края, где Семен Шестаков учтен умершим от ран 3 октября 1942 года в лазарете. Иной информации, уточняющей обстоятельства смерти и указания места захоронения, нет.
По информации из списков фашистского пересыльного концентрационного лагеря Дулаг-184, красноармеец 908-го стрелкового полка Семен Герасимович Шестаков 1901 года рождения, уроженец с. Переясловка Макарьевского сельского совета Топчихинского района Алтайского края был взят в плен и умер в лагерном лазарете №2 3 октября 1942 года. Данные из лазаретной тетради об умершем военнопленном полностью совпадают с данными о месте рождения Шестакова и месте жительства членов его семьи. Захоронен в г. Вязьме Смоленской области, на пересечении улиц Репина и Кронштадтской. Над братской могилой установлен памятник.
Полученные данные позволят внести окончательную информацию в Книгу Памяти Алтайского края и дадут возможность потомкам поклониться могиле предка, о точном месте захоронения которого они не знали.